Macquarie hat eine nicht-hierarchische Organisationsstruktur und ist in sechs Unternehmensgruppen unterteilt. Das Executive Committee (geschäftsführendes Komitee),eine zentrale Gruppe, der der Managing Director (Geschäftsführer), Deputy Managing Director (stellvertretender Geschäftsführer), Head of Risk Management (Leiter Risikomanagement), Head of Corporate Affairs (Leiter Unternehmensangelegenheiten) sowie die Leiter der großen Unternehmensgruppen von Macquarie angehören, ist für die Unternehmensführung verantwortlich.
Die einzelnen Unternehmen agieren innerhalb der Unternehmensgruppen von Macquarie. Diese Unternehmen arbeiten eng zusammen, sind sich auf bestimmte Produkt- oder Marktbereiche spezialisiert und engagieren sich für die Beziehung ihrer Kunden zur Macquarie Gruppe.
Innerhalb der übergreifenden Richtlinien und des starken Risikomanagements haben die Unternehmensgruppen im Wesentlichen freie Hand in der Gestaltung ihrer geschäftlichen Tätigkeiten. Auf die Beziehung zwischen einem Kunden und Macquarie wird besonders großer Wert gelegt.
Fünf Servicegruppen stellen die Rahmenbedingungen, die Infrastruktur und den Support zur Verfügung, die die Unternehmensgruppen für ihre Aktivitäten benötigen. Diese fünf Gruppen sind: Corporate Services, Financial Management, Legal and Governance, Market Operations and Technology und Risikomanagement.